De tempel voor Isis bestond uit drie delen: een groot hof, de voorste zuilenhal en achterin drie kapellen.
Deze tempel dateert uit de 3e eeuw v.Chr. en bleef in gebruik tot 537. De poort in de eerste pyloon heeft een hoogte van 18 m en is 45,5 m breed. Op de torens staat in reliëf hoe Ptolemaeus XII Neos Dionysos de traditionele vijanden van Egypte vernietigt voor Isis, Horus-van-Edfu en Hathor. Op de binnenplaats stond eens de tempel van Amasis. De pronaos van de eigenlijke tempel heeft 10 zuilen. Het plafond is beschilderd met astronomische scènes. Deze ruimte werd rond 553 door bisschop Theodorus in een kerk veranderd. De grote naos bestaat uit 12 kamers en een crypte. Hier toont de versiering offertaferelen en liturgische thema's.